تولى الشيخ الشرقاوي مشيخة الأزهر بعد الشيخ العروسي (1208هـ- 1227 هـ / 1793م- 1812م) ولقد تولَّى المشيخة في مرحلةٍ من أهمِّ مراحل التاريخ المصري، وشهدت مصر أثناء ولايته أحداثٌ جسام؛ حيث جاءت الحملة الفرنسيَّة، وكان واحدًا من أعضاء مجلس الشورى العشرة الذين قابلهم نابليون وطلب منه العدلَ بين الناس، ورفع الظلم، وإقامة الشرع، وإبطال المكوس "الضرائب"، وبنى الشرقاوي رواق الشراقوة، وعمل على سلامة الأزهر. 

أثير حوله الكثير من الجدل حوله مواقفه السياسية ففي الوقت الذي يتهمه البعض بأن له مواقف معينة مع دخول الحملة الفرنسية يرى البعض الآخر أن مواقفه كانت نابعة من حبه للأزهر، وحرصه على بقاء هذا الصرح العظيم.

كان في مقدمة المشايخ الذين استدعاهم نابليون في قصر الألفي بك عندما دخلت الحملة الفرنسية القاهرة عام 1798م للنقاش حول أوضاع البلاد وماذا سيفعلون فيها، وانتهى المجلس بتشكيل ديوان يتولى تسيير الأمور مكوننا من تسعة أعضاء جميعهم من المشايخ والعلماء، وتم اختيار الشيخ الشرقاوي رئيسا للديوان، وبذلك أصبح رئيسًا لحكومة القاهرة المدنية، بالإضافة إلى مشيخة الأزهر، ولُقِّب بذي الرياستين.

وظن نابليون أن الشرقاوي قد تم إغراؤه بهذه المناصب، فقام نابليون ذات مرة بوضع طيلسان الجمهورية الفرنسية على كتف الشيخ الشرقاوي فألقى به على الأرض، وكان ذلك في ظل الحكم الفرنسي لمصر.

 ويقول محمد جلال كشك في كتابه الذي جاء تحت عنوان: "ودخلت الخيل الأزهر"، ومع حدوث ثورة القاهرة الأولى في أكتوبر من نفس العام 1798م؛ حيث تجمع الأهالي وطلاب الأزهر وبعض المشايخ وهم يهتفون (نصر الله دين الإسلام)، وتصدى لهم الفرنسيس، واستمرت الثورة أيامًا، واستشهد فيها من المسلمين من استشهد، ثم ذهب الشيخ الشرقاوي وبعض المشايخ إلى نابليون عند بركة الأزبكية وطلبوا منه أن يرفع ضرب البنادق والمفرقعات عن الأهالي، فوبخهم نابليون وبكتهم واتهمهم بالتقصير في ضبط الأمور فاعذروا له بأنهم لم يكن عندهم علم مسبق بالثورة وليسوا من قادتها وليست لهم سيطرة عليها، ولكنهم يعدونه إن توقف عن الضرب والقتل وأعطى الأمان للأهالي أن تتوقف الثورة!، فوعدهم نابليون بالأمان، فخرجوا وأذاعوا في الناس ذلك ليعودوا إلى بيوتهم، ولكن نابليون غدر بهم مع الليل واقتحم الأزهر بجنده وخيوله، وتم القبض على عدد كبير من الطلاب المجاورين بالجامع الأزهر، وتم إعدامهم ليلًا على دفعات وإلقاء جثثهم في النيل، وكسر جند الفرنسيس قناديل المسجد الشريف ولطخوا جدرانه بالقاذورات، وسرقوا بعض المخطوطات وأحرقوا بعضها، وكانوا يجردون من يلقونه من ثيابه ويتركونه يمشي عريانًا، وحدثت الكثير من الأهوال والمهازل وقال الجبرتي: "إن الشيخ عبد الله الشرقاوي شيخ الأزهر اعتبر هذه الثورة ونتائجها ‏فتنة‬، وإن القائمين بها ممن لا يمكنهم النظر في عواقب الأمور".

وبعد ثورة القاهرة عام 1798 قام نابليون بونابرت بحل المجلس واستمر معطلًا لمدة شهرين، ولكن سرعان ما أعاده نابليون، ولكن بشكل جديد؛ حيث قام بتكوين مجلسين أولهما الديوان العمومي وتكوّن من 60 عضوًا من الأعيان المصريين وممثلي الطبقات المختلفة، وهذا المجلس يجتمع بناء على دعوة من حاكم القاهرة وكان الشيخ الشرقاوي من أعضاء هذا المجلس ثم انفض بعد ثلاثة أيام .

وثانيهما المجلس أو الديوان الخصوصي وعدد أعضاؤه 14 عضوًا، ويجتمع يوميًّا لبحث ونظر مصالح الناس، وكان الشيخ الشرقاوي رئيسًا لهذا المجلس وهو عبارة عن مجلس وزراء بإشراف الوزراء .

على الرغم أن الفرنسيون اكتشفوا أنَّه تجاوب مع الثورة ضدَّهم، فاعتقَلُوه مع غيره من الزُّعَماء في سجن القلعة، لكن سرعان ما أخرَجُوه لحاجتهم إليه، وحاول نابليون التقرُّب إليه بكلِّ السبل، وعلم نابليون فيما بعد أنَّ الشيخ الشرقاوي كان يتلقَّى رسائل سريَّة من الخليفة العثماني. 

وفي ثورة القاهرة الثانية ذكر الجبرتي في الجزء الثاني من كتابه "تاريخ الجبرتي" أن شيخ الأزهر الشرقاوي ومشايخ الديوان ذهبوا إلى كليبر، وطرحوا عليه ‏مبادرة لوقف العنف، وأبدى كليبر تفهمًا كبيرًا، ووعد أن يعطي أهل مصر "أمانًا شافيًا" بشرط أن يخرج العثمانيون والمماليك من مصر، وسيوفر لهم كليبر الأمان والطعام اللازم للخروج وكان على مشايخ الديوان أن يذهبوا بهذا العرض إلى الثوار ليقنعوهم به، فلما التقى المشايخ بالجماهير الغاضبة وطرحوا عليهم هذا الرأي كان رد فعل الناس تجاه المشايخ عجيبًا، كما يقول الجبرتي: "قاموا عليهم وسبوهم وشتموهم وضربوا الشرقاوي والسرسي ورموا عمائمهم وأسمعوهم قبيح الكلام وصاروا يقولون هؤلاء المشايخ ارتدوا وعملوا +فرنسيس ومرادهم +خذرن المسلمين وإنهم أخذوا دراهم من الفرنسيس" وذكر الجبرتي أنه كان حزينًا غاضبًا مما فعله الناس بالشيخ الشرقاوي ومن معه.

ولما قتل القائد "كليبر" قبض على الشيخ الشرقاوي مع الشيخ العريشي قاضي مصر وتم حجزهما ساعات وطلب الفرنسيون منهما البحث عن الأزهريين الأربعة الذين ذكرهم سليمان الحلبي في التحقيق، ولكنهما ثارا لذلك الموقف الفرنسي فحاول الفرنسيون الزج بالشيخ الشرقاوي في ذلك الأمر، ولكن انتهى الموضوع حين تم إلقاء القبض على من ساعد الحلبي في قتل كليبر.

ومع مجيء الحملة العثمانية الإنجليزية لمصر ثم احتلال الأتراك العريش قام الوكيل الفرنسي باستدعاء أعضاء الديوان، واعتقل 4 منهم، وكان في مقدمتهم الشيخ عبد الله الشرقاوي، ثم أرسلوا إلى القلعة ومكثوا في سجنهم مائة يوم، وتم إطلاق سراحهم بعد معاهدة جلاء الفرنسيين عن مصر.

أطلق الفرنسيون على الشيخ الشرقاوي "رجل السياسة الهادئ الذي جنَّب شعبه كثيرًا من النكبات".

وكان نابليون وخلفاؤه يزورون الشيخ الشرقاوي في بيته، ويُبالغون في الحفاوة به، على الرغم من عدم اطمئنانهم له؛ نظرًا لمكانته العلميَّة وشعبيَّته وكان يرى أنَّه يجب الاستفادة من المدنيَّة الحديثة والعلوم المتطوِّرة التي جاءت بها الحملة الفرنسيَّة، ومنها اكتشاف حجر رشيد، وقارنها بالتخلُّف الذي عليه مصر والولايات التابعة للحكم العثماني، على الرغم من أن الفرنسيين فتكوا بالآلاف من سكان القاهرة، وفرضوا عليهم الضرائب الباهظة، وقتلوا لفيفًا من علماء الأزهر وطلابه.

ويعتبر البعض الآخر أن له مواقف شجاعة أثناء الحملة الفرنسية على مصر وأنه استغلُّ مكانتَه في الشفاعة لدى الفرنسيين في دفع الأذى عن زعماء الشعب وذوي المكانة فيهم، وكثيرًا ما كان يقف في وجه الفرنسيين؛ لأنَّه رأى فيهم الخطر الداهم على مصر وقيل إنه عرض على نابليون الدخول في الإسلام وقال له: "إذا اعتنقت الإسلام انضَوَى تحت لوائك مائة ألف جندي عربي، وتستطيع أنْ تفتَحَ بهم الشرق".  

ورفض طلب من نابليون لشيوخ الأزهر أنْ يصدروا فتوى يدعون فيها الشعب المصري أنْ يُقدِّموا له الطاعة والولاء؛ وتصدَّى له الشيخ الشرقاوي طالبًا تنفيذ وعدِه باعتناق الإسلام. 

وبعد خروج الفرنسيين من مصر بذل الشيخ عبد الله الشرقاوي جهداً في النضال بدليل اشتراكه مع زعماء الشعب في عزل خورشيد باشا وتولي محمد على الحكم في بيت القاضي، وكان في مقدمتهم الشيخ الشرقاوي.

وبعد رحيل الحملة الفرنسيَّة عانت البلاد من ظُلم وطغيان العثمانيين والأكراد والمماليك، وأخذ الجميع ينهَبُون ويستبيحون الحرمات؛ فضجَّ الناس بالشكوى ولجئوا للشيخ الشرقاوي، فقاد مع الشيخ عمر مكرم ومجموعة العلماء آلافًا من المواطنين، واتفق المشايخ مع الشعب على عزل خورشيد باشا واختيار محمد علي واليًا على مصر، وأبلغوه بذلك فتردد محمد علي في أول الأمر، ثم قبل بعد أن أوضح له الشيخ عبد الله الشرقاوي والسيد عمر مكرم بأن هذه هي رغبة الشعب المصري ثم ألبساه خلعة الولاية. 

في عام 1809، اتخذ محمد علي مجموعة من القرارات كانت موجهة في الأساس إلى ضرب نفوذ مشايخ الأزهر فرض ضرائب على الأراضي المعفاة كأراضي الرزق الإحباسية التي ينفق منها على المساجد والمدارس الدينية، كذلك فرضت الضرائب على الأواسي وهي أراضٍ كانت مع الملتزمين.

كما كلف المسئولين في المديريات بحصر الأوقاف والرزق ومطالبة نظارها والمستفيدين منها بتقديم مستنداتهم التي تثبت الوضع القانوني لأراضيهم أو مصادرتها، وقرر الاستيلاء على نصف ما يتحصل عليه الملتزمون وتزامن ذلك مع اعتقال ولاة الشرطة لواحد من طلاب الأزهر وسجنه في القلعة، فبدأت حالة من التذمر في القاهرة، وخرجت المظاهرات في الشوارع إلى الأزهر في الوقت الذي توالت الشكاوى من الأقاليم؛ بسبب قرارات محمد علي.

اجتمع عمر مكرم والمشايخ وقرروا كتابة عريضة للباشا بمطالب الناس وعدم الصعود له لقائه بالقلعة، وتعاهدوا على ذلك، فأرسل محمد علي أحد رجاله إليهم وحضر، وقال: إن الباشا يسلم عليكم، ويسأل عن مطالبكم. فعرفوه بما سطروه إجمالا، وبينوه له تفصيلًا.

وهنا بدأ محمد علي في التخطيط للتخلص من عمر مكرم، مستعيناً ببعض المشايخ.. كان أطراف المؤامرة في البداية الشيخ محمد المهدي والشيخ الدواخلى ومحمد أفندي طبل ناظر المهمات.

ويقول الجبرتي في كتابه عجائب الآثار، إنه "اجتمع الشيخ المهدي والشيخ الدواخلى عند محمد أفندي طبل ناظر المهمات، وثلاثتهم في نفوسهم للسيد عمر ما فيها، وتناجوا مع بعضهم، ثم انتقلوا في عصرها وتفرقوا".

وحضر المهدي والدواخلى إلى السيد عمر، وأخبراه أن محمد أفندي ذكر لهم أن الباشا لم يطلب مال الأوسية ولا الرزق، وقد كذب من نقل ذلك.

فرد عليهم مكرم وفند حججهم بالمستندات، وأقسم ألا يرى محمد على إلا إذا عدل عن مشروعه في فرض ضرائب جديدة، وقال: إذا أصر الباشا على مظالمه فإننا نكتب إلى الباب العالي، ونثير عليه الشعب، وأنزله عن كرسيه كما أجلسته عليه حاول المهدى والدواخلي مرة أخرى الالتفاف على مقاطعة الزعماء للباشا، ولكنهم ذهبوا إلى القلعة للقاء الباشا، وأثناء اللقاء هاجم محمد علي عمر مكرم وانتقد مواقفه، فأعطاه الشيخان الإشارة إلى استعداد كبار المشايخ للتخلي عن عمر مكرم.

وعاد الشيخان المهدي والدواخلي إلى عمر مكرم حاملين تهديد محمد علي الصريح له وللشعب.. وزرع محمد علي الجواسيس حول بيت عمر مكرم لرصد تحركاته ومتابعة ما يقوم به، وفي نفس الوقت حاول شراءه بالمال، لكن عمر مكرم ثبت على موقفه.

وزادت الجفوة بينهما عندما رفض عمر مكرم التوقيع على كشف حساب عن نفقات ولاية مصر مرفوع للباب العالي.

وهنا تم دخول الشيخ الشرقاوي في المؤامرة عقب اتهام عمر مكرم لمحمد علي بالكذب والتلاعب في أموال الولاية، وبعد محاولات عديدة وافق عمر مكرم على لقاء محمد علي في منزل الشيخ محمد السادات، لكن الباشا رفض، واعتبر ذلك تجاوزًا شديدًا من عمر مكرم.

وهنا دبر محمد علي والمشايخ مؤامرة للتخلص نهائيًّا من عمر مكرم.

ففي صباح الأربعاء 9 أغسطس 1809 توجه محمد علي إلى منزل ابنه إبراهيم بالأزبكية واستدعى القاضي والمشايخ، للاحتكام إليهم فيما وقع بينه وبين السيد عمر مكرم بعد أن رتب الأمر معهم على إصدار قرر بنفيه بعيدًا عن القاهرة، ووجه الدعوة لعمر مكرم للحضور.

وكان هناك احتمالان لا ثالث لهما: أن يحضر ويتفق القاضي وأغلب المشايخ على إدانته بتهمة الخروج على ولي الأمر، أو يرفض فيعتبر رفضه خروجًا وعصيانًا.

ورفض عمر مكرم المثول في المجلس الذي كان يعرف قراره المعد مسبقًا، وبالفعل تقرر عزله ونفيه إلى دمياط، وتعيين الشيخ السادات نقيبا للأشراف.

أما الشيخ المهدي فأسرع يطلب المكافأة، وكانت له، فأخذ وظائف عمر مكرم في نظر أوقاف الإمام الشافعي ووقف سنان باشا ببولاق، وحصل على ما كان متأخرًا له من راتبه من الغلال نقدًا وعينًا لمدة 4 سنوات دفعها محمد علي نقدًا من خزانة الدولة.

وتوفي الشرقاوي بعد هذا الموقف بـ 3 سنوات وتم وضعه تحت الإقامة الشبه جبرية تقليلاً لنفوذ الأزهر وسطوته.

كانت النتيجة لهذه الأفعال في غاية الخطورة؛ حيث أدت لسقوط مكانة المشايخ في نظر الناس وفي نظر محمد علي أيضًا.

ويقول الرافعي: "لم يكن المهدي والدواخلي والشرقاوي في موقفهم عاملين على هدم السيد عمر فحسب، بل كانوا في الواقع يهدمون أنفسهم وزملاءهم، وكل عضو في تلك الجماعة الشعبية التي قامت بدور خطير في تاريخ مصر القومي". 

 له العديد من المؤلفات، منها: 

1- التحفة البهية في طبقات الشافعية وضمت تراجم الشافعية حتى سنة 1221هـ، مرتبة على حروف المعجم، وتوجد منه نسخة خطيَّة بدار الكتب المصريَّة.

2- تحفة الناظرين في من ولي مصر من السلاطين.

3- حاشية على شرح التحرير في فقه الشافعية.

4- فتح المبدي شرح مختصر الزبيدي.

5- العقائد المشرقية في التوحيد.

6- الجواهر السنية في شرح العقائد المشرقية- مخطوط.

7- حاشية الشرقاوي.

8- حاشية على شرح الهدهدي.

9- شرح حكم ابن عطاء الله السكندري.

وقد بلغت مؤلفات الإمام الشيخ الشرقاوي ما يزيدُ على العشرين مؤلفًا، وذلك رغم التيَّارات السياسيَّة العنيفة التي خاضَها، وجميعُ كتبِه بدار الكتب المصريَّة ومكتبة الأزهر الشريف.